Op de vochtige bodems van de dalen groeit voornamelijk struikgewas. Langs de kust staan nog kokospalmen. Grote wilde dieren komen nauwelijks voor in Uruguay, hoewel nandoes voorkomen in de buurt van de Río Uruguay. De dierenwereld is typisch die van de open vlakten van Zuid-Amerika, dus een fauna van de grassavannen, die in het algemeen aansluit bij die van Noordoost-Argentinië. In de rivierbossen en de moerasgebieden komen veel vogelsoorten voor, o.a. de koningseend, de zwartnekzwaan en verschillende soorten wilde ganzen. In de graslanden vinden we de al eerder genoemde nandoe en patrijzen. De hornero of ovenvogel bouwt zijn op een oven gelijkende nest in o.a. telefoonpalen.
Zoetwatervissen zijn o.a. piranha’s, zalm en pejerrey. Verder komen voor de pacú, tararira en de surubí, allen verwant aan de Noord-Amerikaanse baars. De bekendste zoetwatervis van Uruguay is de criolla, die tot 32 kilo zwaar kan worden. Sportvissers uit zowel geheel Noord- als Zuid-Amerika komen naar Uruguay om te vissen op de criolla in de Río Santa Lucía. Het Río de la Plata estuarium is zeer rijk aan vis. Hier vindt men een combinatie van zout en zoet water waar haaien, roggen, ansjovis en corvina voorkomen.Dieren als jaguars, poema’s, halsbandpekaries en reuzenmiereneter zijn uitgestorven in Uruguay. Zoogdieren die nog wel voorkomen zijn witlippekaries, armadillos (gordeldieren), capibara’s (’s werelds grootste knaagdier) en drieteenmiereneters of tamanduá.
Driehonderd jaar extensieve veeteelt hebben een negatieve stempel op dieren- en plantenwereld gedrukt. Uruguay heeft maar vier nationale parken waaronder de zeehondenkolonie in de buurt van Punta del Este en Cabo Polonio.